Depuis ses débuts la SDA est traversé par des débats internes. Celui initié par Joseph Bates permis l'adoption du sabbat comme élément doctrinal central (Sergio Becerra, 2001). D'autres débats furent menées dans une extrême tension et conduisirent parfois à des scissions.

La doctrine de la « justification par la foi »
En 1888, s'opposant aux principaux dirigeants de la Conférence général lors du synode de Minneapolis, le binôme de jeunes pasteurs Alonzo Trevier Jones (1850-1923) et Ellet Joseph Waggonner (1855-1916) firent évoluer la théologie adventiste en faisant acter la doctrine de la « justification par la foi » et non par la loi au sein de l'adventisme, fort du soutien d'Ellen White. Cette évolution se fit dans un cadre de tensions car les leaders historiques privilégiaient les signes de distinction avec les autres groupes protestants au détriment des points théologiques qui risquaient d'établir des convergences, à l'instar de la doctrine de Jones et Waggonner. Cependant, son important impact fait de 1888 une date fondatrice de la doctrine adventiste (Maurice Verfaillie, 2011, p. 115).

Jonh Karvey Kellog
Le Dr John Harvey Kellog (1852-1943) inventeur des Cornes flakes domina l’action médicale adventiste durant trois décennies. Avec l’aide des dirigeants adventistes, il créa l’École d’hygiène (en 1877), l’Association américaine de tempérance et de santé (1878), l’École de formation des infirmiers (1883), l’École d’économie domestique (1888), le Collège médical missionnaire américain (1895) et l’École normale d’éducation physique (1909) afin de former des centaines de professionnels de la santé. Kellogg présida pendant dix ans (1893-1903) l’Association adventiste missionnaire médicale et de bienfaisance (fondée en 1893), qui durant cette période, construisit des établissements de soins. Panthéiste, Kellog quitta la SDA suite à un profond désaccord sur la gestion des établissements de santé et son goût pour les théories eugénistes. Il fonda avec l'économiste Irving Fisher (1867-1947) et le biologiste Charles Davenport (1866-1944) la Race Betterment Foundation (la fondation pour l’amélioration de l'espèce humaine). L'engagement de Kellog pour les minorités sociales et ethniques surtout noires furent conséquents. Cependant les travaux de la Race Betterment Foundation seront repris et réorientée par l'Allemagne nazie (Brian Wilson, 2014). Le départ de Kellog avec des infrastructures de santé, a conduit la SDA à centraliser la gestion de ses structures pour éviter de nouvelles pertes de ressources importantes (Fabrice Desplan, 2005)

Des scissions diverses à l'international.
En 1925 un premier schisme verra des membres quitter l'Eglise adventiste du septième jour pour former L'Eglise adventiste, mouvement de réforme. En 1929-1930 puis 1950 deux vagues de dissidences se firent pour former les davidiens. Ces derniers deviendront tristement célèbre lors de la tuerie de Waco dans le Texas en 1993. Dans nombres de pays la croissance adventiste s'accompagnera de départs majeurs. Les plus importantes furent liées au choix de la SDA d'établir des rapprochements avec d'autres groupes religieux. Tel fut le cas en Hongrie en dans les années 70 où des cadres et des centaines d'adventistes refusèrent le rapprochement avec le Conseil des Eglises Libres, impulsé par le régime communiste. Ils fondèrent l'Eglise KERAK. En 2015, les 600 membres de l'Eglise KERAK ont réintroduit la SDA après une période de dialogue et des excuses officielles de l'Eglise adventiste¹. D'autres scissions importantes ont lieu au Burundi (Jean-Pierre Chrétien et Melchior Mukuri, 2002)², au Venezuela où le fondateur de l'Association Israelita, Ézéchiel Ataucusi Gamonal, a été expulsé de la SDA en 1956.

En France
En 1982, en Polynésie Française une scission entraîna la création d'une Fédération adventiste dissidente (Bruno Saura, 1998). Les fractures dans l'Eglise adventiste s'expliquent toujours par des relations interpersonnelles principalement. La divergence doctrinale est un facteur secondaire. Il n'est pas rare de constater qu'elle est la manifestation des effets d'autres variables comme la culture, la catégorie sociale, le niveau de formation, la construction biographique, le type de conversion, etc. Il en va de même pour les tensions autour de la place d'Ellen G. White ou la vive opposition autour de l'ordination des femmes (sujet sur lequel la France connaît quasiment pas de remous).
Le sujet clivant qui traverse la France demeure le rapport aux autres institutions religieuses, y compris protestantes. L'adhésion à la Fédération Protestante de France de 2006 s'est réalisée au prix du départ de pasteurs adventistes vers des pays où la SDA se développe en autonomie (Richard Lhemann, 2008). La prise de position de l’Église protestante unie de France (EPUdF) membre de la FPF en faveur du mariage homosexuel a réactivé en 2015 les critiques de membres sur l'appartenance de la SDA à la FPF. Conscient de sa position extrêmement minoritaire en France, des cadres insistent pour des rapprochements avec des groupes protestants plus conservateurs et en phase avec les positions éthiques adventistes. Ainsi un dialogue soutenu avec le Conseil National des Evangéliques de France (CNEF) est entretenu.
Les questions sur les évolutions des formes de conjugalités restent un sujet de débat non explicite et source de lecture très différentes dans l'adventisme. Même si la tendance reste à une préférence pour le mariage comme cadre de développement familial, dans les faits la montée du concubinage, des séparations, du divorce, au sein de la SDA interroge. L'initiation même d'un cadre d'analyse de l'homosexualité est source de tension. Il y a quelques années, la rédaction d'un article sur le sujet par l'ancien doyen de la Faculté adventiste du théologie a montré les grandes sensibilités autour de la question.

Que montre cet éventail incomplet ? L’Église adventiste doit être approchée comme un espace dynamique sur le long terme, même quand elle donne l’impression (volontairement ou non) d’être arc-boutée. L’un des fondateur de la SDA, James White, était opposé à la construction d’une doctrine normative, perceptible aujourd’hui dans les 28 vérités fondamentales de l’Église adventiste. Il n’était pas emballé par la croyance en la Trinité et d’autres points forts de la SDA. Comme le souligne l'historien adventiste George Knight "aucun des leaders fondateurs de la SDA se reconnaîtraient dans l’Église adventiste" en 2019. Certainement ils refuseraient d’y adhérer ! L’Église adventiste est donc un espace religieux en mutation permanente et les conflits sont aussi des facteurs de son évolution. Ils obligent surtout les adventistes à devoir développer beaucoup de recul sur eux même; mais là est un acte extrêmement compliqué et donc rare et peu encouragé.